Lễ hội chùa Bái Đính là một lễ hội xuân, diễn ra từ chiều ngày mùng 1 tết, khai mạc ngày mùng 6 tết và kéo dài đến hết tháng 3, khởi đầu cho những lễ hội hành hương về vùng đất cố đô Hoa Lư tỉnh Ninh Bình. Ngoài thời gian trên trong năm, du khách đến tham quan chùa không được thăm thú các hoạt động văn hóa của lễ hội.

Lễ hội chùa Bái Đính gồm 2 phần. Phần lễ gồm các nghi thức thắp hương thờ Phật, tưởng nhớ công đức Thánh Nguyễn Minh Không, lễ tế thần Cao Sơn và chầu thánh Mẫu Thượng Ngàn.[50] Lễ hội chùa Bái Đính bắt đầu bằng nghi thức rước kiệu mang bài vị thờ Thần Cao Sơn, Đức Thánh Nguyễn và Bà chúa Thượng Ngàn từ khu chùa cổ ra khu chùa mới để tiến hành phần hội.[50] Phần hội chùa Bái Đính gồm có các trò chơi dân gian, thăm thú hang động, vãn cảnh chùa, thưởng thức nghệ thuật hát Chèo, Xẩm đất Cố đô. Phần sân khấu hóa thường do Nhà hát Chèo Ninh Bình đảm nhiệm có tái hiện lễ đăng đàn xã tắc của Đinh Tiên Hoàng Đế và lễ tế cờ của Vua Quang Trung trên núi Đính trước giờ xung trận.[51]

Với ưu thế của một quần thể chùa rộng, lễ hội chùa Bái Đính là một lễ hội lớn, thu hút đông du khách tham gia. Do có những điển tích gắn với các vị vua Đinh Tiên Hoàng, Quang Trung, Lê Thánh Tông và tín ngưỡng thờ thánh Nguyễn, thần Cao Sơn, Bà chúa thượng ngàn nên lễ hội chùa Bái Đính vừa có sự sùng bái tự nhiên, vừa thể hiện tín ngưỡng đạo Phật, đạo Mẫu lại có cả Nho giáo.[52]